Im Jahre 1898 erfolgte eine Erhebung über die Anzahl, Art und Lebensweise der im Lande Mecklenburg-Schwerin lebenden Körperbehinderten. Unter der Schirmherrschaft der Herzogin Elisabeth, Gemahlin des damals regierenden Herzogs Albrecht zu Mecklenburg, wurde am 8. Juli 1899 in Schwerin Beschlossen, eine "Krüppelanstalt" in Rostock zu gründen. Im Jahre 1900 wurde in der Friedrichstrasse die "Landeskrüppelanstalt Elisabeth Heim" eröffnet. Sieben Jahre später (1907) war der Neubau des "Elisabeth Heimes" in der Ulmenstraße bezugsfertig.Ab 1913 konnten dort durch einen Erweiterungsbau 65 Kinder betreut werden. Sie erhielten Schulunterricht und die Möglichkeit einer Berufsausbildung. 1919 wurde die medizinische Betreuung in die Hände von Dr. P. F. Scheel gelegt, dem zu dieser Zeit einzigen Facharzt für Orthopädie in Mecklenburg. Unter seiner Leitung erfolgte die schrittweise Umstellung der Anstalt auf klinische Belange.1925 wurden durch bauliche Veränderungen ein Operationssaal und ein Turnsaal geschaffen. Man erwarb ein fünfstöckiges Wohnhaus am Kaputzenhof 11, in dem die erste "Orthopädische Ambulanz Rostocks" eröffnet wurde. Auf dem Parkgelände des Elisabeth Heimes wurden weitere Baracken zur Unterbringung einer Kinderstation sowie von Werkstätten errichtet.

Im zweiten Weltkrieg mussten wegen ungeeigneter Luftschutzeinrichtungen die Klinik und das Heim geschlossen und die Patienten nach Kühlungborn verlegt werden. Nach dem Krieg wurde das Gebäude des Elisabeth Heimes zur Orthopädischen Klinik umgebaut, während das Heim in das einstige Rostocker Armenhaus zog. Im Jahre 1946 war mit der Umbenennung der "Landeskrüppelanstalt Elisabeth Heim" und der Einrichtung des Lehrstuhls für Orthopädie der Medizinischen Fakultät der Universität Rostock die Geburtsstunde der heutigen Orthopädischen Universitätslinik. Die Leitung wurde Herrn Dr. Mestern erteilt. Nach dem Tode von Dr. Mestern übernahm Dr. Scheel erneut die Klinikleitung. 1953 wird Prof. Dr. Scheel auf den Lehrstuhl für Orthopädie berufen.Nach dem Tode von Prof. Dr. Scheel wurde Prof. Dr. Seyfarth auf den Lehrstuhl für Orthopädie an der Universität Rostock berufen. Unter seiner Leitung wurden bis 1975 der Operationssaal erweitert, eine Kinderstation, ein Forschungslabor und ein Fotolabor eingerichtet.

Im September 1975 übernahm Dozent Dr. Jaster kommissarisch die Leitung der Orthopädischen Universitätsklinik. Ein Jahr später, im September 1976, erfolgte seine Berufung zum ordentlichen Professor und damit zum Leiter der Klinik.1977 wird eine neue Poliklinik in der Waldemarstraße eingerichtet, 1986 die Operationsabteilung renoviert und eine Röntgenabteilung in Betrieb genommen. Prof. Dr. Jaster leitete die orthopädische Klinik bis 1993. Prof. Dr. Mach übernahm 1993 die Klinikleitung, die er 1999 aus gesundheitlichen Gründen an Prof. Dr. Buchmann übergab. Bis zur seiner Pensionierung im Jahre 2001 war Prof. Dr. Buchmann kommissarischer Direktor der orthopädischen Universitätsklinik. Von März 2001 bis Oktober 2003 wurde die Klinik durch Prof. Dr. med. Dipl.-Ing. V. Jansson geleitet. Die Erweiterung der Forschungsschwerpunkte in der Endoprothetik, auf dem Gebiet des Tissue Engineering und der Tumororthopädie gehen mit der klinischen Anwendung modernster innovativer Verfahren im klinischen Alltag einher.

Seit 2003 setzt Prof. Dr. med. habil. Wolfram Mittelmeier die Reihe der Klinikdirektoren fort. Während seiner Amtszeit zog die Klinik in die ehemalige Frauenklinik in der Doberaner Straße 142.